使者来到碣石，见卢生已经跑了，就抓住了几个无关紧要的人。使者四处通缉卢生，见他逃得无影无踪，就只好把这几个人带到咸阳来始皇帝。皇帝就审问他们，这些人便说了前面的那些话。始皇帝听说卢生逃走时还如此痛骂他，勃然大怒，道：“朕招募方术之士，无非是让他们替朕寻找长生之术，多年过去了，国家已经耗费了数以亿计的钱财，徐福还拐走了几千名童男童女，茅盈劝朕修建兰池，竟然一无所获，现在卢生又如此冒犯朕，使天下之人都指责朕的过失。这些术士实在是可恶至极！”李斯早对方术士不满，又因为咸阳的读书人都痛骂他，就趁机进言道：“陛下，臣已经调查过了，这些方术之士个个刁钻奸诈，不学无术，只会用歪门邪道来骗钱，没有一个是真心替陛下求福的。可恨的是他们还与咸阳的一些儒生混在一起，大肆谤政，谩骂朝廷，惑乱人心。此现象比以前更加严重了，有些人还对朝廷的禁令无动于衷，尤其是焚书之后，咸阳的一些文学士子，他们公然聚在一起，不是在大听广众之下，还是在街巷小胡同里大发牢骚，痛骂陛下，诅咒陛下，甚至还有人企图煽动人们起来造反！卢生的话和他们如出一辙，请陛下纳臣之谏，坚决制止这种事情，千万不能让这些竖子乱了秦国的法度啊？”李斯还搜罗了许多证人，说儒生们是怎样骂皇帝的。
始皇知道了这些情况后，确实就恼了，他便痛心地说：“朕招募文学之士，就是为了让他们替朕建言献策，谋求国家的建设发展，他们却和术士们勾结在一起，谤政辱朕，这就是图谋不轨！”于是即刻降诏，把咸阳所有的方术之士和儒生们全部抓起来，就有七八百人。
那些掌管监狱的官员为了显示他们的才能，就对这些人严刑逼供。这些人中，确实也有很多人见自己没有了书读，就骂皇帝是混蛋，也议论说这就是baozheng。官员就把人名一一上报。始皇心想：全国的典籍都烧了，读书人还可以用自己的学问来褒贬时政，若是把他们都杀了，谤政之风就一定会停止。就问李斯：“违犯禁令的人很多，应该怎么处治？”李斯道：“周朝的时候，人们纷纷著书立说，向君主表达治国的观点，他们都称为贤人。现在国家统一了，法律和各项制度也统一了，人们的思想和言行也应该统一。焚书之前，朝廷就已经有令在先：‘有妄议朝政和谈论诗、书即百家语的，通通要治罪。’现在应该按照诏令执行。”始皇帝就把违犯禁令的四百六十多人全部定为死罪，并且通令全国，立即停止言论自由。这样自春秋战国以来，社会各阶层兴起的贤哲名儒，他们著述立说，百家争鸣的局面就到此结束了。
始皇帝焚毁诗书，又杀了一些读书人，怕引起朝中学者们的不安，一日就召集众博士，试探着问他们：“朕听说五帝实行禅让制，而夏商周三代的君王实行世袭制，朕应该如何传承王位呢？”众博士怕招来灾祸，都不敢说话。博士鲍白令之却上前道：“陛下想以天下为公，就应该实行禅让制度，想以天下为私，就实行世袭制度。五帝是以天下为公有，三王是以天下为私有。”始皇仰天长叹道：“朕德高三皇，功过五帝，当然是实行禅让制了，谁人可以在朕之后接替天下呢？”鲍白令之看出了始皇的真实想法，就直言不讳道：“陛下行桀、纣之道，推行baozheng，想实行五帝的让贤制度，不是本意啊！”始皇闻言大怒，道：“狂徒，竟敢诅咒朕？你凭什么说朕行的是桀、纣之道？快说来听，不然就杀了你！”鲍白令之不慌不忙地说：“陛下修建上接云霄的射雁台，又修建连绵五里的阿房宫，在殿前铸造重达千石的大钟鼓，万石的钟鼓架。你又开凿大陵，挖到地下千丈深；建宫室，从雍门往东长达三百里。宫娥嫔妃成千上万，歌舞杂技艺人充满宫室。陛下为一己之欢而耗尽了天下的资财，偏颇自私而竭尽全国的民力，您岂能与五帝比德，又怎能以天下为公有？您说这话，真是大言不惭啊？”始皇帝听了这话，简直气的满脸通红。
众博士都吓得魂不附体，认为鲍白令之该遭殃了，可是过了老半天，始皇却大笑道：“令之这话，实在是让朕在众人面前出丑啊？朕不行禅让，就该行世袭。那你说说，朕的皇子中，哪一个能做继承人？”鲍白令之道：“扶苏为人贤孝仁慈，又是长子，难道不是合适的人选吗？”秦始皇心想：扶苏确实是唯一的人选，不过他过于仁弱，又无勋劳于国，立为太子岂能服众？应该找机会让他在大风大浪中历练一番才对。这时突然有一个人闯进宫来，口中大叫：“陛下，不可以啊！不可以！”众人大吃一惊，都向殿门口望去。
只见扶苏疾步来到了皇帝的面前，跪地祈求道：“陛下，国家安定没几年，六国的百姓尚未归附。”始皇帝道：“你小子想说什么？”扶苏道：“听说陛下要杀读书人，他们都是圣贤之徒，犯了什么罪？非要杀掉他们吗？儿臣担心此举将会失掉民心的。”众人非常震惊，都想刚才鲍白令之冲撞了龙颜，现在扶苏又来批逆鳞，都替公子捏一把汗。始皇帝却漫不经心地说：“这群读书人实在是可恶，竟然和方术之士勾结，无视朕威，妄议朝政，杀了他们以示国法无情。你替他们求情，真是糊涂蛋！”扶苏道：“陛下，术士可恶，可儒生无辜，杀之不祥啊！儿臣只替众儒生求情，您想想看读书人没有了书读，他们能不骂人吗？请陛下赦免他们吧？”始皇呵斥道：“你小子懂什么？朕下达焚书令时，有言在先：谁敢诽谤朝政，妄议朝廷之事，就要满门抄斩，现在不诛连他们的家人，已经是仁至义尽了。这些狂徒竟敢无视朕威，胡乱谤政，不杀他们，何以服众？你小子既不懂治国之术，又不知孝道，还敢来教训朕？你现在即刻离京，到北方去做蒙恬将军的监军，监督修建大道，等大道修好了朕要视察北方。没有朕的诏令，你不得善自入京！”言毕，就让人写了一道诏令，立即遣送公子出京。扶苏大惊失色。
次日，始皇痛恨徐福害得百姓骨肉分离，又气恼茅盈欺骗了他，卢生诅咒他，还有众儒生痛骂他，一气之下，就把这些人全部定为死罪。这些人中，大部分是方术之士，也有少数极端仇秦者，还有一些是爱发牢骚，没有真才实学的酸儒，圣贤之徒也占少部分，总共四百六十多人，可谓是良莠不齐，鱼龙混杂，现在没人能救得了他们，就被秦军驱赶出城，押往渭水之滨的洪坑沟行刑。
就在大家出城的时候，有一位年轻的女子站在路边，望着队伍中的丈夫哀伤流泪。始皇帝正好出城，看见了她，就下车走到女子的身边道：“你为谁而泣？”女子道：“为夫君而泣。”始皇道：“你知道他犯禁而不检举他，你可知罪？”女子不慌不忙地回答：“小女子听说实行德政的君王就像天上的北斗星一样，坐在自己的位置上，众星都朝着它。君王为了杀掉这些手无寸铁的弱者，而亲自大驾光临，人们如何仰视您？”始皇大惊失色，就诧异地看着女子道：“秦国素来以法治国，他们是犯禁者，理应处死，这有异议吗？”女子回答：“君王知道禾苗和雨露的关系吗？”始皇道：“此话怎讲？”女子答道：“七八月间，禾苗枯槁，冬天就死亡。可当来年春风吹来，天公便油然作雨，禾苗又蓬勃生长。如果君王施仁爱于百姓，就像天降甘霖于禾苗，这样君王就无敌了！”始皇帝心里更加钦佩她，就道：“朕以法来衡量世间的一切，如果抛弃了法理，而改用仁义，就不是以身作则了，又如何做天下的表率？”女子继续说：“左右的人都说这个人可杀，不要听；诸大臣都说杀，还是不要听，国人都说杀，君王再仔细考察一番，发现却有可杀之罪再杀之，所以说这个人是国人杀的，这样的君王才能做万民之父母。”始皇帝面带愧色，道：“朕定法在前，而法是国人遵守的准则，现在朕如果听了你的话赦免了你丈夫，就是徇私枉法，法律就成了一纸空文，朕将如何面对天下的百姓？”女子道：“小女子听说桀、纣之所以失天下，是因为失去了百姓，失去了百姓其实就是失了人心。得天下也是有方法的，就是先要得到民心，得民心者得天下，这话人人都知道但却做不到。”始皇就非常钦佩地说：“朕可以赦免你的丈夫！”
忽然身后有人高声道：“王子犯法与庶民同罪，更何况他只是臣的女婿！陛下今天能赦免臣的女婿，天下之人都会认为您怀有私情！”始皇回头一看，原来是李斯。李斯就上前道：“按照陛下的诏令，若有人犯禁，不检举者同罪。现在臣治家不严，以致于臣的女婿也敢犯禁，不仅要治他的罪，就是他的妻子也不例外！”李灿听了这话，几乎瘫倒在地。始皇帝大惊，才知道她就是李斯的小女儿李灿。始皇帝就道：“如此说来，丞相也脱不了干系啊？”李斯大惊，就赶紧垂首恭立一旁，不再言语了。
始皇就对李斯道：“丞相养了个好女儿，她不能没有丈夫啊？”李斯道：“陛下若真爱护百姓，就应该修明刑罚。臣听说晋文公从前召集诸侯大夫于侍千宫，可是他的一位宠臣颠颉迟到了，大臣们就问该怎么处治。文公说杀了他。监斩官就斩了颠颉，并且拿他向国人示众。晋国人从此胆战心惊地道：‘颠颉如此受宠，都被正法，何况我们！’后来文公发兵攻打曹国和五鹿，军队接连获胜，又打塌了郑国的城墙，还把卫国的田地改为东西垅，后来又与楚国决战，取得城濮大捷。他命令三军前进，将士就像水往坡下灌一样快；他命令三军停止，将士就像是斩断了双脚一样立刻停下。三军将士没有一人敢违抗命令，就是这么一次借故行刑的缘故，晋国从此就大治了。还有周公旦杀了管叔，流放了霍叔，天下人都说：‘亲兄弟有了罪都不能免刑，何况疏远的人！’当周公旦的刀锯加于朝廷之上时，国家也就大治了，所以说修明刑罚的道路可以达到不用刑罚。今天陛下能杀臣之女婿，天下人一定会说：当今皇帝执法，既是丞相之婿都不能赦免，何况别人。如此秦国的大治就在眼前了，请陛下明察？”秦始皇听了李斯的这番话，只好让人把胡胜带走。李灿就非常生气地转身离开了。
扶苏拿着诏令出宫后，就哭着回家向母亲说明情况，然后带上随从就离开了咸阳。他们一行人向北迤逦而行。扶苏迈着沉重的脚步，他马也不骑，满脑子都是儒生的影子。一个时辰后，忽然有人从后面追了上来，道：“公子！”原来扶苏平素为人仁德贤孝，他知道父皇要杀儒生，但从心里不相信，就派了几个人偷偷地跟着去看，他要确切地知道那些犯禁者究竟被父皇怎么处置。这几个人看清楚后就声色慌张地跑来报告：“公子，那四百人真的被活埋了啊！”扶苏一听，惊得目瞪口呆。他们又说：“我们奉了您的命令，就在城外等侯，那四百多人就全部被赶往渭水之滨的洪坑沟。有些人不想死，他们就往外跑，可是他们都被绑着，根本逃不掉，就被驱赶在沟底里。一会儿，一声号炮响后，谷口两旁的山坡上就扯起了木排，土石一齐滑下，就将谷口给封死了，然后又用箭射，一会儿就听不到声音了啊！”
扶苏听完，扑腾一声跪在了地上，他面朝咸阳方向悲叹道：“苍天呀！你为何要如此残酷地惩罚我大秦国啊？”一声苍天，声泪俱下。忽然一阵大风吹来，无情的沙尘吹打在他的脸颊上。这时左右的人就扶起了他。扶苏用袖子遮住脸，踉跄着向北方而去。后人把坑杀儒生的地方称为‘坑儒谷’。