舒尔哈齐班师回朝之后，努尔哈赤准备将他的下属常书、纳齐布以临阵脱逃的罪名处死，以剪除他的左膀右臂同时也是杀鸡儆猴。但是舒尔哈齐的反应十分强烈，说杀他们就是等于杀我，誓不低头，大有决以死战的阵势。最后努尔哈赤为了避免公开的冲突，便做出了让步。他只罚了常书一百两黄金，夺了纳齐布下属的人马，并且从此以后剥夺了舒尔哈齐指挥军队的权利，将他排挤出了最高军事领导层。
万历三十五年（1607年），舒尔哈齐的地位一落千丈，变成了一个有名无实的人物，他痛感自己与努尔哈赤势难并存。于是，他与长子阿尔通阿，三子扎萨克图商议，图谋另立门户，与兄长分庭抗礼。
于是舒尔哈齐带着几个儿子和少数部下来到了铁岭东南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，开辟新的根据地。[10]而黑扯木临近明朝的军事重镇铁岭，可以直接依靠明朝的军事保护，在他的东面又与乌拉部落接邻，能随时得到盟友的援助。
舒尔哈齐开始与努尔哈赤越来越疏远，转而靠近明朝了。李成梁看到这一分化女真的大好机会，于是火上浇油，故意挑起矛盾冲突。他上奏朝廷册封舒尔哈齐为建州右卫首领，这是明朝在辽东地区设立的最高地方军事长官。
努尔哈赤首先是责令舒尔哈齐放弃自立为王的念头，在劝说无效的情况下，他断然采取了强硬措施，于万历三十七年（1609年）三月，舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿、扎萨克图被努尔哈赤诛杀，部将武尔坤也被处死。努尔哈赤余怒未消，仍打算将他的次子阿敏处死，只是在皇太极等人的极力求情下，阿敏才逃过一劫，免于一死，不过他的一半家产被没收。
面对兄长咄咄逼人的姿态，舒尔哈齐失去了继续抗争的勇气。他知道自己的实力远远不如兄长，而且他所指望的靠山，驻扎在辽东的明军，也处在岌岌可危的境地，根本不是努尔哈赤的对手。在万念俱灰的绝望处境下，舒尔哈齐回到了兄长的帐下。但是这次的努尔哈赤对他不再讲兄弟情谊了，舒尔哈齐被囚禁在一间暗室之中，用铁锁锁住，仅有两个孔穴给他送食物。
万历三十九年（1611年）八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中死去，时年四十八岁。
舒尔哈齐是清朝创立的第二号功臣，他原来的地位就是仅下努尔哈赤一等，各部酋长拜见的时候，两兄弟是同时受贺的，分南北落座。明朝的边将称努尔哈赤是二都督。舒尔哈齐同样是在起兵之初就很能打仗的人物，他屡立战功，是努尔哈赤的不可缺少的臂膀。而且，舒尔哈齐也是以努尔哈赤的继承人自居的。
自从万历十一年（1583年）五月，努尔哈赤起兵以后，舒尔哈齐帮助努尔哈赤不但灭掉杀父仇人、图伦城主尼堪外兰的势力，还征服了浑河部、董鄂部、苏克素浒部、哲陈部、完颜部、朱舍里部、讷殷部，统一了建州女真。万历四十四年（1616年），努尔哈赤称王，舒尔哈齐称船将，是满洲的第二号人物，手下精兵5000多人，将领40多人，势力相当庞大。“
”可是为了权力，父汗亲手害死了自己的亲弟弟，这是我爱新觉罗的悲哀，也是自相残杀的开始“。多尔衮神色黯然道。
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”这第二次自相残杀的便是诸英了！他是父汗的长子，一开始非常受器重，结局却是惨死！！！“
”万历八年(1580年)褚英出生，这年努尔哈赤21岁，努尔哈赤起兵时，褚英只有4岁。由于母亲早逝，年幼的褚英便一路跟随父亲奔波于刀光剑影之下。努尔哈赤起兵之初，首先面对的是一些族人的对抗和暗杀。有刺客来袭，努尔哈赤就把长子褚英、次子代善和女儿东果格格藏进板柜底下。褚英跟随父亲在格杀征战、险象环生的境况中长大，刀光剑影、血雨腥风，造就了他性格上的勇敢和躁烈。
万历二十六年(1598年)正月长大后，努尔哈赤命他讨伐安楚拉库，他不畏险阻，披甲上阵，领兵飞速前进，星夜驰至，取屯寨二十处，其余屯寨尽行招服，获人畜万余，胜利回师。回去以后被努尔哈赤封为洪巴图鲁，晋封贝勒。
万历三十五年(1607年)正月，蜚悠城主策穆特黑到赫图阿拉归服努尔哈赤，请求建州派兵前去迎护家眷和部众。努尔哈赤便命他的弟弟舒尔哈齐、与褚英及次子代善等统兵三千前往蜚悠城。行军路上，发生了一件奇怪的事情:一天夜里，阴云密布，伸手不见五指，迎风招展的军中大旗上忽然射出一道白光，闪电般撕裂夜空，刺人眼目。兵士们放倒大旗细看，旗上并无一点光亮。但当他们重新将旗竖起，旗上便又射出耀眼的白光。舒齐哈奇大惊失色，说:"我自幼跟大汗四处征讨，经历的事说来不少，但从来没有见过这样怪异的事。这是不祥之兆!我们应该撤军，避开这个凶兆。"舒尔哈齐的话遭到褚英和代善的坚决反对。在他们的坚持之下，大军终于到达蜚悠城。在护佑着500户蜚悠部众返程途中，建州军在一个叫乌碣岩的地方，遭到乌拉兵的堵截。舒尔哈齐见敌军过万，惧于敌众我寡，畏缩山前，按兵不动。褚英和代善见状，便鼓动众将士说:"乌拉首领布占泰曾是我们建州的俘虏，因其归顺父王，父王才把他放回。我们过去能把他放回去，今天就能再把他抓回来。他的兵虽然比我们多，我们却有老天的眷顾，有父王的威名，只要奋勇厮杀，敌兵必破。"部众士气受到了鼓舞，军心大振。他们在山上立栅扎营，派兵守护那500户部众。由扈尔汉、扬古利率200人同乌拉军前锋殊死拼杀，吸引敌军的注意力。而褚英则与代善各率兵500，分两路夹击乌拉军。褚英率先冲入敌阵，吼声震天，无人敢挡。乌拉兵兵败逃窜，"如天崩地裂"。这一仗，建州兵斩杀乌拉兵3000多人，获马5000匹，甲3000副，代善擒斩了乌拉大将博克多。
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