此战共毙伤明郑军一万两千余人，俘五千余人。击毁、缴获战船一百九余艘。唯独刘国轩率领残余部队从北面吼门退往台湾，澎湖各岛郑军遂向施琅投降。而清军付出的代价仅仅是阵亡三百二九人，伤一千八百余人，船只无一损失。

要不是考虑东番水道非常险恶难行，进军困难。施琅决定暂缓进攻，采取攻心战术，意图迫降明郑军。为此施琅在澎湖禁止杀戮，张榜安民；发布《安抚输诚示。并派原刘国轩副将曾蜚赴台。派人医治受伤战俘，给他们补给衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢郑军将领为内应，防守澹水的何佑首先私通施琅。

面对施琅的军事压力，东番本岛的明郑军将领，提出了三个不同的意见，有人认为东番本岛险塞难行，即便是施琅海战获胜，要想登陆东番也不是轻而易举的事，也有人认为当攻略吕宋，重新寻一块根据之地，还有人认为，明郑水师已然大势已去，还不如投降清廷，如此也能保全家小。

东番岛上人心不稳的消息迅速由何佑传到了在澎湖的施琅处，到了这个时候，施琅知道大事是真正的定下了，可欲招抚东番残部，他一个水师提督显然是没有资格的。

为了尽收平台之功，施琅遂将澎湖军务交给了陈蟒和董义，自个趁船回返铜山，也好在明珠和姚启圣面前夸耀他的武功。

然而施琅没有想到的是，他刚刚踏入铜山港，身边就涌出了无数持刀拿矛的楚军士兵，只不过为迷惑施琅，这些士兵都身穿绿营兵号衣。

“……你们想干什么，本督是施琅，尔等难道想造反吗？本督要见姚启圣，要见明相！”

施琅懵了，他哪里想到刚刚回返铜山，就被人控制了，到了这个时候，他还以为这些绿营兵是奉了姚启圣的号令。

按照康熙帝规划，平台事应由姚启圣、万正色、巡抚吴兴祚一起商讨作战，而施琅却打算排除姚启圣等人的节制，以便能全权进攻台湾，不过康熙帝只同意吴兴祚负责后勤，仍然命令姚启圣和施琅共同出兵。

康熙二十一年五月初五，清军主力抵达铜山岛，姚启圣和施琅却在争执出兵时机，姚启圣主张利用冬天的北风，施琅主张利用夏天的南风，导致清军无法顺利出兵。

最后康熙帝于十月初六裁定施琅负责前线作战，姚启圣改任后勤作业，这才让施琅如愿取得前线的统帅权。

姚启圣军权旁落后，为避免施琅独得战功，转而和郑氏谈判。但是施琅主战意志坚决，且负责谈判的刘国轩不接受剃发易服，谈判因此破裂，但这也令姚启圣和施琅出现了不和，望着周围的绿营兵，施琅只以为姚启圣是公报私仇，想抢夺他的平台大功。

“呵呵，施提督，本官实话和你说吧，明中堂已决定举闽越之众北伐，捕拿祸国奸臣索额图，今姚总督和赵总督都同意奉明中堂号令行事，不知施提督愿不愿意？”

率兵包围施琅的不是别人，正是铜山参将周球，连续出卖了明珠和姚启圣后，周参将知道他已然没有回头路了，即便是现在率兵围了施琅，也丝毫没有羞愧之心。

“……你们？”

闻言，施琅心下一突，他哪里想到明珠竟会行这等悖逆事，居然在这个节骨眼上发动兵变。

“施提督放心，明中堂早已令人草拟了讨逆檄文，施提督却是名列榜首，不管施提督同不同意，想洗脱干系，恐怕都不可能了。”

施琅曾两度降清，乃是铁杆汉奸，按理说既然落到楚军手上，肯定是要千刀万剐的，可偏偏他手中有数百条海船，在没有控制这支船队的时候，便是想动他都不可能。